Да... Сложный аппарат... Зачем столько процессоров? В теории 100 каналов можно реализовать матрицей на процессоре 44 ножки или применить 74hc595 + любой процессор (как советует Alex).
С программой для ПК могу помочь. Сейчас собираюсь делать тестовую программу для радио модулей. Необходимо только описание протокола для работы с вашими устройствами по RS485.